Altro splendido colore, alquanto raro nel chihuahua, è il cioccolato. Questa colorazione deriva dal nero, che per effetto di un gene viene diluito e appare quindi come marrone. Come tutti i geni della diluizione, anche questo va ad agire sulle mucose, che invece di nere, appariranno marrone. Nei soggetti di colore marrone anche gli occhi assumono una colorazione più chiara, sino ad avere sfumature ocra o verdi. Il gene diluizione che determina il cioccolato, può agire anche sul pigmento rosso, andando ad agire schiarendo le mucose o gli eventuali peli neri presenti sul soggetto. Teoricamente accoppiando tra loro due cani cioccolato dovremmo avere solo cuccioli cioccolato, ma purtroppo la genetica di questo colore è ancora poco studiata e pare che soggetti cioccolato abbiano prodotto cuccioli rossi o crema, facendo presupporre che questo colore abbia geneticamente un comportamento simile a quello del nero puro.